Deux choses : le principe d'égalité est supérieur à toute autre conception, en dehors de la liberté, et il y a un biais dans ton raisonnement.
Tu pars du principe que le permis de conduire est lié au bon respect du code de la route. C'est fondamentalement faux. Le permis de conduire est lié à l'usage spécifique d'un engin motorisé sur la route. C'est là toute la différence. Le permis de conduire t'autorise à conduire un engin motorisé sur la route, et le fait de pouvoir le garder est soumis au respect de la Loi avec cet engin. En fait, on pourrait dire que le vrai nom du permis de conduire est "permis de conduire un engin motorisé sur la voie publique".
De fait, les points sont là pour contrôler et sanctionner le bon usage des véhicules motorisés. Et seulement eux (et plus précisément, uniquement les engins concernés par ce permis).
Il n'est donc pas normal de retirer des points sur un permis de conduire lorsque la personne fait usage d'un véhicule qui n'est pas concerné par ledit permis.
Le code de la route s'applique à tout le monde, le permis n'en réglemente qu'un usage spécifique et sous certaines conditions. S'il y a un examen du code avant de passer à la conduite, c'est uniquement pour s'assurer que le futur automobiliste/motocycliste connaît la Loi, avant de passer à l'apprentissage de la technique de l'engin. En aucun cas cet examen ne démontre qu'il doit "mieux connaître" la Loi qu'un autre citoyen : tous les citoyens doivent connaître le code de la route, point.
Enfin, concernant les professionnels, même chose : on ne peut prévoir de sanction plus lourde pour eux en raison de la nature du permis, du principe d'égalité et pour la raison qu'ils ne sont dépositaires d'aucune confiance/force publique. En revanche, lors du passage devant un tribunal pour x ou y raison, le fait d'être un professionnel conduit la plupart du temps à une condamnation plus lourde, pour la raison que tu évoques, mais toujours dans le cadre de la Loi générale.