Parce que laisser des survivants, c'est le risque de voir l'extermination organisée par les cylons érigée en mythe fondateur de la nouvelle civilisation humaine, pour revenir les exterminer. Il y a une autre raison, plus spirituelle, qui apparaîtra plus tard, mais je ne veux pas spoiler.
Cette deuxième question sera confirmée (ou invalidée, spoilers...) plus tard dans la série. Mais ce n'est pas une incohérence du scénario. Il y a quelques incohérences dans le scénario, mais elles ne sont pas de ce genre.